Inteelt vergroot de kans dat het nageslacht problemen gaat ondervinden van recessieve allelen (gen dat alleen tot uiting komen wanneer er geen ander dominant gen aanwezig is). Inteelt leidt over het algemeen tot een verminderde genetische variatie van populaties (inteeltdepressie). Elk gen bestaat uit twee allelen, één van de vader en één van de moeder. Door inteelt toe te passen is de kans groter dat het nageslacht per gen twee exacte dezelfde allelen krijgt van de ouders. Hierdoor leidt inteelt tot een verkleining van de genenpool.
Bij het fokken van dieren wordt inteelt gebruikt om gewenste uiterlijke eigenschappen of karaktereigenschappen te behouden en te versterken. Wanneer een dier een eigenschap heeft dat als wenselijk beschouwd wordt, wordt dat dier verpaard met een naaste verwant (vader/moeder, broer/zus, neef/nicht), om in de nakomelingen deze eigenschap terug te zien. Vaak zie je bij een hoger inteelt een meer het zelfde uiterlijk en bij een lager inteelt een minder consistent uiterlijk (werklijnen). Bij een lager inteelt zul je meer moeten kijken naar de zwakke punten van het dier, om er een geschikte partner bij te vinden die de zwakke punten compenseert. Overigens moet dit natuurlijk ook bij een hoger inteelt, maar door het meer consistente uiterlijk is dit eenvoudiger.
